1）更换一下系统管理员密码，设置复杂点，然后网站的程序该升级的进行升级，特别是cms程序，如织梦程序。
2）定期对网站进行安全检测：1,日志检查2,网站收录检查3,网站文件检查。一般通过文件修改时间来判断。定期做好网站安全检测，这样才能及时发现并解决问题，从而有效减低损失。
3）设置好目录和文件权限，定期更新和升级网站程序。如果还是被入侵反复篡改建议找专业的网站安全公司来处理，国内推荐Sinesafe和绿盟和启明星辰等可以专业的处理.
这类分析会牵扯到很多方面的问题，如服务器系统，应用端口，软件漏洞，代码漏洞，网页JS问题，数据库注入等等很多不安全因素都有可能被扫描并攻击。
至于预防，除了常规预防手段之外，个人感觉最有效的办法就是：
1、监测分析。利用网络分析软件抓取数据包进行分析，排除可疑的报文，提前预防。
2、勤补漏洞。修复已知的各种漏洞，让网站运行更安全。
网站被攻击一般有几种情况
1，流量攻击，就是我们常说的DDOS和DOS等攻击，这种攻击属于最常见的流量攻击中的带宽攻击，一般是使用大量数据包淹没一个或多个路由器、服务器和防火墙，使你的网站处于瘫痪状态无法正常打开。
但是这种攻击成本都会很高.2， CC攻击，也是流量攻击的一种，CC就是模拟多个用户（多少线程就是多少用户）不停地进行访问那些需要大量数据操作（就是需要大量CPU时间）的页面，造成服务器资源的浪费，CPU长时间处于100%，永远都有处理不完的连接直至就网络拥塞，正常的访问被中止。而CC攻击基本上都是针对端口的攻击，以上这两种攻击基本上都属于硬性流量的攻击. 如果服务器（网站）被入侵了,一般都是服务器或者网站存在漏洞，被黑客利用并提权入侵的，导致服务器中木马，网站被挂黑链，被篡改，被挂马。解决办法：如果程序不是很大，可以自己比对以前程序的备份文件，然后就是修复，或者换个服务器，最好是独立服务器。