计算机网络安全措施主要包括保护网络安全、保护应用服务安全和保护系统安全三个方面，各个方面都要结合考虑安全防护的物理安全、防火墙、信息安全、Web安全、媒体安全等等。
1、保护网络安全。 网络安全是为保护商务各方网络端系统之间通信过程的安全性。保证机密性、完整性、认证性和访问控制性是网络安全的重要因素。
2、保护应用安全。 保护应用安全，主要是针对特定应用（如Web服务器、网络支付专用软件系统）所建立的安全防护措施，它独立于网络的任何其他安全防护措施。 虽然有些防护措施可能是网络安全业务的一种替代或重叠，如Web浏览器和Web服务器在应用层上对网络支付结算信息包的加密，都通过IP层加密，但是许多应用还有自己的特定安全要求。
3、保护系统安全。 保护系统安全，是指从整体电子商务系统或网络支付系统的角度进行安全防护，它与网络系统硬件平台、操作系统、各种应用软件等互相关联。
机关单位对于涉密网络的安全保密技术防护应采取多重措施。
首先，应建立严格的访问控制机制，包括身份验证和授权管理，确保只有授权人员可以访问敏感信息。
其次，加密通信和存储数据，防止信息被未经授权的人员获取。
此外，定期进行安全审计和漏洞扫描，及时发现和修复潜在的安全漏洞。
此外，培训员工关于网络安全意识和操作规范也非常重要。以上综合措施可以最大限度地保护涉密网络的安全和保密性。
应当采取“身份鉴别、访问控制、安全审计、边界防护”等措施。
此外，加强涉密网络安全保密技术防护，实行保密工作责任制，健全保密管理制度，完善保密防护措施，开展保密宣传教育。